Lễ hội gồm hai phần: phần lễ và phần hội. Phần lễ được tổ chức trang nghiêm, bao gồm các nghi lễ truyền thống: Lễ mở cửa đền, lễ dâng hương, lễ rước nước, lễ cầu siêu và lễ hội hoa đăng, tế lễ cổ truyền nhằm nêu cao đạo lý “uống nước nhớ nguồn”; tôn vinh tri ân công đức của các bậc đế vương và các bậc Tiền nhân đã có công dựng nước và giữ nước; thể hiện nguyện ước của nhân dân cầu mong Quốc thái dân an, mưa thuận gió hòa,…


Phần hội gồm các hoạt động văn hóa văn nghệ, thể thao, du lịch được tổ chức sôi nổi như: Giao lưu liên hoan các đội Kèn đồng; biễu diễn Trống hội và Cồng chiêng; đấu Vật dân tộc và nhiều trò chơi dân gian đặc sắc như chọi gà, bắn nỏ, thi chèo thuyền khéo; các hoạt động quảng bá du lịch,..
Lễ hội truyền thống Trường Yên là dịp để tuyên truyền, giáo dục về truyền thống yêu nước của cha ông, về các giá trị di sản văn hóa truyền thống đặc sắc của Ninh Bình với nhân dân trong và ngoài tỉnh; thông qua hoạt động của Lễ hội góp phần bảo tồn, kế thừa và phát huy truyền thống lịch sử văn hóa của dân tộc; quảng bá tiềm năng thế mạnh về văn hóa du lịch, thu hút du khách trong và ngoài nước về với Ninh Bình.